氧氣在線分析系統的應用存在一些影響因素。例如，對于微量氧的測定，不僅要嚴格控制系統的材質和密封性，還要對系統的清潔度等諸多因素進行一一解決。否則，氧成分分析將無法得到準確的測定結果。對于氣體中微量水分含量的測定，除了上述影響因素外，還必須考慮管道中樣氣中水分的吸附平衡，而這個問題的正確處理必須依靠反復試驗來了解其變化規律，掌握操作技術，才能得到準確的結果。
在使用時，操作不當會造成樣品污染，所以充分了解這些氧氣在線分析系統才能用得好。
1、泄漏。系統在初次使用前必須經過嚴格的泄漏檢測，只有在密封性的前提下才能得到準確的數據結果。任何連接點、焊接點、閥門等的密封性都會導致空氣中的氧氣逆向滲入管道和氧氣分析儀內部，造成含氧量高的結果。
2、氣路系統的簡化和清潔。氧氣在線分析系統的微觀分析要求必須有效消除氣路上各種管件、閥門、總管的死角對樣氣的污染。因此，應盡量簡化氣路系統，選用死角小的連接器。此外，避免使用水封、油封、蠟封等設備，以防溶解氧逸出造成污染。還要避免在樣氣到入口的管路上增加容易造成污染的凈化設備。只有這樣，系統才能干凈，得到的數據才能準確。
3、污染。系統重復使用時，連接采樣管路時注意是否有漏氣現象，將漏入系統的空氣小心吹凈，防止大量氧氣通過傳感器盡可能延長傳感器的使用壽命。在管道系統的凈化過程中，為了縮短凈化時間，需要一定的方法。一般高壓放空和小流量吹掃交替進行，以快速凈化管道。
此外，氧氣在線分析系統還有一些注意事項。
1、氧分析儀初次使用前，應對連接點、焊接接頭、閥門等進行泄漏檢測，確保空氣中的氧氣不會滲回管道和儀表，造成高測量值。
2、樣氣中氧含量的變化會受到管道材質和表面粗糙度的影響。因此，一般選用銅管或拋光不銹鋼管作為連接管，而不是塑料管、橡膠管等。
3、微量分析時，要避免各種管件、閥門、總管等死角對樣氣的污染。因此，氣路系統必須盡可能的簡化，連接器的死角要小。建議使用水封、油封、蠟封等設備來保證數據。
4、如果空分裝置長時間停機或停機加熱，將分析儀進樣閥置于截止位置，斷開分析樣氣管與分析柜入口的連接，加熱和空氣分離容器一起吹掃樣氣引壓管。
